远在天山山脉西端，伊犁河神收到军师诏令，率领数十万水兽大军杀向那拉提山。阿拉套早已探明西面的敌袭，遂沿路布下两道防线阻击敌援。先前投诚的两河领了军令，前去迎敌，喀什河在前，巩乃斯河居后。伊犁河从山谷间奔腾东流，正遇见自东向西的喀什河。两河交汇，麾下水兽大军便汹涌交战，厮杀缠斗。喀什河神跨着坐骑水骑兽，手挺长枪杀向伊犁河神。不等伊犁河神出手，身侧冲出一将，截住喀什河神。此人是伊犁河第一大将特克斯河神。特克斯手握大刀，迎战喀什河神。二人交手才十余回合，喀什河神不敌，被特克斯一刀斩于马下。伊犁河大军趁势奋勇向前，剿灭了喀什河残部。伊犁河神不敢耽搁，又下令全军马不停蹄赶赴前线。伊犁河沿阿吾拉勒山南麓流过上百里，又遇一河，名叫巩乃斯河。该河发源于艾肯达坂，流经那拉提草原。
巩乃斯河神布下重重防线，截住伊犁河去路。伊犁河神二话不说，纵马上前，与巩乃斯恶战。相斗几十回合，不分胜负。特克斯带领伊犁河水军冲向敌军防线，却屡次败下阵来。伊犁河神见士兵经上一役大战，后又长途跋涉，已不堪重负。于是下令全军向南撤退，避开敌军正盛的锋芒。伊犁河从巩乃斯河处折向，南流五十余里至比依克山北麓的山脚下。此地是那拉提山、比依克山和乌孙山三山交界处。伊犁河水军到此，遇上西面行来一军，乃乌孙山大军。伊犁河神见是乌孙山神，口念咒语施展灵术，止住水流让乌孙山大军通过河流。待全军过了河，乌孙山神上前拜谢。
“伊犁将军，前方战事如何？”
“回乌孙将军，先前于巩乃斯河处，伊犁遭了大败，逃至此地。”
“将军不必担心，格木尔军师有封密信让在下交给您，应是锦囊妙计。”
“那自然最好，有劳将军了。”伊犁河神拱手致谢。
乌孙山神右手伸进怀中，取出一物，突然刺向伊犁河神。他手中握着的并非锦囊，而是一把明晃晃的利刃。伊犁河神侧身躲闪，利刃扎进手臂。一旁的特克斯赶紧上前救了将军。
乌孙山神一声令下，手下大军围住伊犁河水军，疯狂杀戮。伊犁河水兵猝不及防，损失惨重，余下纷纷逃入河中。伊犁河神受了伤，不便应战，领着残兵沿着比依克山和乌孙山二山之间的谷地向西逃走。乌孙山神没有追击，带领大军继续东进十几里，来到比依克山脚下。科克铁克正屯兵于此。
乌孙山神见山上戒备森严，山道小路皆有重兵把守，于是派出一名石兵前去报信。不多时，科克铁克和比依克二人下山迎接。科克铁克下令山路守兵放行，乌孙山大军得以通过山腰层层的防御上到山顶。
乌孙山神说道“科克铁克将军，方才我在山前十几里的谷地遇见伊犁将军，他从巩乃斯河败退至此。”
“那伊犁将军为何不随将军您一起前来？”
“水军不便远离水源，因此伊犁将军没有前来。但他托我交给您一样东西。”
“哦，是何物？”科克铁克问道。
乌孙山神故技重施，右手伸进怀中，掏出利刃刺向科克铁克。科克铁克并未躲闪，反而镇定自若地看着他。伸出的利刃停在了半空，顿住了，从乌孙山神的胸口钻出一把血淋淋的剑身。趁着乌孙山神伸手取刃之际，比依克悄然走到他的身后，拔出宝剑由后心刺穿乌孙山神的胸膛。
“你和阿拉套山神交情匪浅，托木尔军师早已料到你将叛变，特地让我在比依克山等候。”
“而且伊犁将军也早报来你叛变的消息。”比依克说。
“那为……”乌孙山神变得有气无力。
“你一定是想问既然军师知道你会叛变，为何仍要征召乌孙山。”科克铁克把话收住，取下乌孙山神手中的利刃，继续说道：“他只是想向你借兵而已。”言毕，科克铁克一剑刺穿乌孙山神的心脏。
身面的乌孙山大军早已被埋伏的天山大军包围。乌孙山神一死，群龙无首，于是纷纷投降。科克铁克得了乌孙山大军，即刻发兵解那拉提山之围。大军兵分两路，一路比依克山神，统兵十万，沿山南麓挺向安迪尔乌拉山大军；一路科克铁克，由北麓下山，直逼阿拉套山大军。
自从霍拉山失守，霍拉山神败退至哈山东麓，此地山路狭险，易守难攻。科古琴遂移兵霍拉山西面，仅遣小队人马留守霍拉山。科古琴强攻哈山一世有余，无果。霍拉山神望眼欲穿，却始终没有盼来援军。科克沙勒并没有沿着哈山山势行进，而是由哈山西段的木扎尔特河顺流南下，沿着山脚东进。
哈尔克他乌山南面有一山，名为却勒塔格，沿着塔里木盆地北缘向东延伸，至霍拉山南面。木扎尔特河下了哈山折向东流，一路从却勒塔格山脚经过。科克沙勒领兵沿着却勒塔格山，绕过哈山与霍拉山交界处，从霍拉山南面翻越山岭，趁夜袭了科古琴的身后。
时夜深风疾，北风呼啸。科克沙勒遣一队石兵潜入科古琴山大营北面，纵火烧营。火借风势，漫天席卷，势如恶龙。营寨大乱，科古琴闻声出帐查看，发现大火蔓延至主帐附近。他急忙口念风咒语，呼南风延缓火势。大火在南、北风角力处徘徊。但是灵术毕竟难敌自然之神力，很快，科古琴支撑不住，只好放弃营地，率领大军穿越火墙，向北逃去。不到五里，山地两侧杀出一支伏兵，正是科克沙勒于此埋伏。一声令下，大军掩杀，科克沙勒亦一马当先，挑战科古琴。科古琴先前使用灵术，耗了太多灵气，不敢力敌科克沙勒，遂转身逃走。科古琴山大军却陷在重重包围之中，难以逃脱。最后只余数骑随科古琴走脱，一路北去，投至安迪尔乌拉的营地。
安迪尔乌拉山本是北天山余脉，位于博罗科努山以南。安迪尔乌拉听天山山灵诏令而领兵上了博罗科努山。适逢北天山举兵谋反，不得已而从之。自领兵至额尔宾山西端，安迪尔乌拉按兵不动，除了多次派遣小队人马夜间骚扰，从不大举进攻那拉提山。那拉提亦将重兵屯于山的西北面，以挡强大的阿拉套山大军。
科古琴兵败投至安迪尔乌拉处，科克沙勒和比依克也领军过了开都河，直奔额尔宾山西端。科古琴欲借兵雪恨，但安迪尔乌拉却以敌兵强势，避其锋芒为由撤兵北上，准备返回北天山再图打算。大军行至那拉提山以北，科古琴和安迪尔乌拉又起了争执。安迪尔乌拉心知叛军大势已去，意欲擒获科古琴献给天山邀功请罪。
是夜，安迪尔乌拉以赔罪之名宴请科古琴。酒酣之际，安迪尔乌拉见科古琴大醉，取出藏于怀中的绳索，上前捆缚。正要动手，科古琴突然起身，手握短匕刺入安迪尔乌拉的胸膛。
科古琴大笑：“早知你心怀不轨之意，我科古琴岂会着你的当。”
安迪尔乌拉毙命，大军归于科古琴。他下令调转方向，南下驰援阿拉套。此时的阿拉套正踌躇不安。自科克铁克率领大军北上，阿拉套势弱，只得由攻转守，倚借巩乃斯河抵挡科克铁克和那拉提山大军的三面围攻。巩乃斯河神屡劝阿拉套撤兵北还，却被阿拉套否决。
神州百二一纪，天山大军已重新夺回大部分失地。科克沙勒命比依克前去相助那拉提山，自己领兵夺回额尔宾山，进逼北面的依连山。博斯腾亦灭了前去的莫松达坂大军，继而北上与科克沙勒会合。博格达率军西进，屯兵乌鲁木齐地，对峙依连山东麓。
天山山脉西面，伊犁河神带领大军又杀回巩乃斯河。特克斯诱敌出战，巩乃斯轻敌冒进，被伊犁河水军伏击。巩乃斯被擒，水兵皆降。伊犁河神控制巩乃斯河，断了阿拉套山大军的北逃之路。那拉提和科克铁克趁势狂攻敌军，几日之后，科古琴和阿拉套二人相继战死，西线遂平。那拉提和科克铁克移兵北上，占了依连山西面的博罗科努山。依连山三面被困，死守本山。
不久，天山苏醒。巴里坤护送天山和哈尔克他乌二人回哈山休养。托木尔峰灵气最盛，托木尔于是让天山于此静养。半纪后，依连山被破，天格尔自尽身亡，依连山神北下依连山，打算投奔北疆的阿勒泰山灵，却被艾比湖神半途伏击，重伤被俘。
叛乱平定，众将齐聚托木尔峰。天山褒奖各有功之臣，并下令处死依连山神和巩乃斯河神等一干叛将。库鲁克塔格因临阵脱逃，按军令当死，后因博斯腾求情，免于一死，降职驻守本山。博格达献上救了天山一命的石异兽。天山为感其恩，留在身边纳为坐骑，赐名‘天池’。天山山脉历经此劫，灵气大损，不敢再举兵北征。